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小说SNP分析揭示遗传变异性增加和丰富易位后残余阿勒格尼woodrat人口

BMC生态学与进化体积22文章编号:137年(2022年)引用这篇文章

文摘

背景

阿勒格尼woodrats (Neotoma高地”)被发现在整个室内阿巴拉契亚高地和异质种群分布。历史上这些异质种群持续相对流体网络,使亚种群间基因流和开拓殖民地以前报告的地区。然而,在过去的45年,丰富的阿勒格尼woodrats拒绝整个物种的范围由于栖息地的破坏,减少硬桅杆的可用性,和蛔虫寄生。为了启动基因拯救小,遗传发育不全的族群在新泽西州,woodrats是从基因易位健壮的人口在宾夕法尼亚州(PA)在2015年,2016年和2017年。在此,我们评估这些易位恢复的疗效在收件人人口遗传多样性。

结果

我们设计了一个新颖的134个单核苷酸多态性面板,用来基因型六woodrats转移从新泽西PA和82人人口捕获的易位前后事件。这些数据表明,至少两个转移个人成功地产生了至少13的后代,他们复制。此外,全民观察第一组易位后大幅上涨,达到的水平与人口在印第安纳州和俄亥俄州,在随后几年,一直升高。丰度也增加了监测期间,暗示宾夕法尼亚易位启动基因新泽西人口的救助。

结论

令人鼓舞的是,我们的研究结果表明非常小数量的易位个人可以成功恢复威胁人口的遗传多样性。我们的工作也强调了管理的挑战非常小的种群,比如当转移个人有更大的繁殖成功率相对于居民。最后,我们注意到正在进行的工作和阿勒格尼woodrats可能广泛地塑造我们理解异质种群内的遗传救援和跨异构的风景。

同行评审报告

背景

景观尺度人为干扰会导致栖息地的丧失和碎片,因此空间隔离当地野生动物种群和阻碍功能连通性1,2,3,4]。物种通常结构异质种群可能特别受到空间隔离种群的威胁。当地消灭补丁可以共同和持久性的metapopulation取决于正在进行的开拓殖民地事件(5,6,7]。因此,中断传播和基因流栖息地站点可以降低全民遗传变异性和健身,促进自然消灭小亚种群,防止再度移民事件,威胁metapopulation持久性(4,5,8,9]。阿勒格尼woodrats (Neotoma高地”)需要摇滚栖息地(如悬崖,距骨山坡,博尔德字段),位于高海拔地区主要在阿巴拉契亚山脉和内陆高地(10,11]。这些网站是自然分离的栖息地。因此,woodrats通常形成小亚种群(定义为合适的栖息地岩石),由分散在一个更大的metapopulation[相连12,13]。如果运动生境斑块之间中断,亚种群变得孤立,基因流动受到抑制时,遗传多样性丢失通过漂移,近交衰退发生时,种群数量减少,开拓殖民地报告网站的下降(14,15,16]。

新泽西州(NJ)是一个残余阿勒格尼woodrats人口,位于~ 240公里距离最近的现存人口在宾夕法尼亚州。个体采样2009年、2011年和2012年和基因分型在11个微卫星位点的遗传变异相对较低,所表示的等位基因多样性和观察到的杂合性(附加文件1)。为了保护担忧与遗传多样性下降,新泽西DEP鱼类和野生动物介绍六个人基因强劲的人口2015年在宾夕法尼亚州,2016年和2017年的假设下,如果转移个人复制,人口数量和遗传变异会增加(即。、遗传的解救;(17,18,19,20.])。然而,确定证据的繁殖成功率和量化遗传变异性依赖于识别标记面板与合适的统计力量(21,22,23]。

板的单核苷酸多态性(snp)可以产生一个低概率的身份(PID)(即。,the likelihood that two randomly chosen individuals in a population will present seemingly identical genotypes; [21]),从而帮助准确重建家族关系(24,25,26),即使人口是天生的23]。甚至相对较小的SNP面板(例如,58 - 109标记)最终可以执行及微卫星(或比小套房23,27,28,29日,30.]。为此,我们阿勒格尼woodrat基因组测序和注释草案基因组组装。我们随后设计了134个SNP面板结合了相关的基因和推定地中性标记。我们进行了初步分析,探讨SNP检测是否为个人提供了更大的统计力量比常用的微卫星标记面板标识。SNP位点被用来评估遗传多样性的变化后易位到新泽西的剩余人口和识别转移人的后代。

结果

核基因组测序和SNPtype试验发展

我们生成137.6 Gb (Gb)的原始序列数据n高地”,包括从paired-end 119.8 Gb (PE)图书馆和17.8 Gb的mate-paired (MP)图书馆(附加文件2)。我们的核基因组组装草案包括60789支架大于2000完全(bp)的长度。我们使用车身v5评估基因组的完整性通过识别mammalia_odb10直接同源,发现77.9%的万能单副本直接同源是完整的(77.2%的单一副本,0.7%的复制),8.7%的支离破碎和13.4%的失踪。

我们最初确定的627421年高质量的单核苷酸多态性。这些,我们选择了192个snp在Fluidigm包括SNPtype化验。我们随后排除58位点原因中概述的方法(例如,数据没有集群独特的纯合子和杂合的状态)。剩余的134个位点,至少128位点放大为每个318 woodrats基因分型(附加文件3)。这些位点可以大致分为相关的基因(n = 72)和中性标记(n = 62)。

使用微卫星和SNP标记概率的身份

50型woodrats捕获亚当斯县在2017年和2019年,俄亥俄州(OH)在11个微卫星标记导致PID4.0×105和兄弟姐妹之间的概率的身份(PIDsib) 9.8×103。相比之下,134个SNP位点产生5.0×10的值-27年(PID)和3.1×10-14年(PIDsib)。如果70位点的更为保守的数据集,PID是1.9×10-13年PIDsib是3.1×107在所有50个人。此外,我们的研究结果表明,一个小得多的snp可能用于后续研究小组实现PID< 0.0001(附加文件4;一个PID < 0.0001被认为是足够低区分甚至在最自然的人口(个人密切相关31日- - - - - -33])。鉴于这些结果,所有其他样本基因分型用苏格兰民族党面板。值得注意的是,有一个显著的、积极的关系杂合的微卫星位点的数量每个体和杂合的SNP位点的数量(线性回归:r2= 0.32,p < 0.0001,额外的文件5)。

遗传变异性和生殖成功后易位栅栏人口

血统分析显示,六个woodrats转移从宾夕法尼亚州到新泽西产生最少的(表13的后代1)。女性内进行2015年生产的至少有四个孩子在2016年和2019年之间。2015年男性内进行生产至少有九个孩子,主要是在2016年(表1)。2015男女易位产生的后代至少13个孩子自己的2017年和2019年之间(表1)。我们发现没有证据表明从捕获和随后的基因分型,其他四个内进行个人复制。雄性的转移在2016年和2017年被证实死亡11和1周内发布,分别。摄像头捕获视频的女性发生易位与一只小狗在2016年。目前尚不清楚这只小狗成年前死亡或者只是避免陷阱,是拍摄的位置是定期捕获以外的区域。女2017年发生易位也解决了常规之外的捕获区域并没有检测到。

表1的后代个体转移来自宾夕法尼亚州的2015年,2016年和2017年和他们的后代
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的82人口从栅栏组织样本收集,收集五个2009年,2011年十三,2015年九,2016年十八岁,16 2017年,8 2018年和2019年13。一次Bonferroni调整应用,单个位点被发现的哈迪温伯格平衡,且仅在2019年(展示杂合子的证据)。结构分析居民个人和那些转移到新泽西的证据两个遗传学上截然不同的集群提供当最保守的数据集(70位点)是利用。全民的遗传成分改变了2015年易位事件后,作为从蓝色转变说明了集群与常住人口相关人工中介基因流之前,橙色的增加集群与PA个体的遗传资料(无花果。1)。尽管如此,所有等位基因历史上出席的位点被认为是本研究后保留易位(数据没有显示)。

图1
图1

结构的结果82 woodrats困在栅栏,新泽西在2009年至2019年之间,以及六个人从PA转移到新泽西。PA的年人贴上他们在新泽西(即释放。,2015年、2016年和2017年)。所有个人都贴上被采样之前发生易位(“pre-translocation”),后在易位或易位发生(“post-translocation”)。结构结果CLUMPP-averaged在10分假设当K等于2。外加剂的转变表示蓝色集群与常住人口相关人工中介基因流之前,橙色的增加集群与PA个体的遗传资料

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易位之前,观察到的杂合性(HO)和预期的杂合性(HE在新泽西)显著低于在网站在印第安纳州和俄亥俄州(表2)。然而,遗传变异在新泽西人口的增长特别是易位(表之后2、表3,无花果。2)。例如,观察杂合度增加从2009年的0.08±0.02,0.30±0.02 2019年(表3,无花果。2)。平均HO和HE可比在印第安纳州,俄亥俄州和post-translocation新泽西(表吗2,3,无花果。2)。

表2的意思是观察到的杂合性(HO)±SE,平均期望杂(HE阿勒格尼woodrats)±SE (Neotoma高地”)在134个snp基因分型
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表3是观察到的杂合性(HO)±SE,平均期望杂(HE)±SE和平均数的阿勒格尼woodrats等位基因(A) (Neotoma高地”)2009年被捕(n = 5), 2011 (n = 13), 2015 (n = 9), 2016 (n = 18), 2017 (n = 16), 2018 (n = 8)和2019 (n = 13)在栅栏,新泽西,在134个SNP位点基因分型
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图2
图2

捕获指数和平均观测杂合性(HO阿勒格尼woodrats)±SE (Neotoma高地”)2009年被捕(n = 5), 2011 (n = 13), 2015 (n = 9), 2016 (n = 18), 2017 (n = 16), 2018 (n = 8)和2019 (n = 13)在栅栏,新泽西,在134个SNP位点基因分型。来自宾夕法尼亚州的易位后观察到的杂合性增加六woodrats 2015年,2016年和2017年

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我们发现20出版物的Fluidigm SNPtype试验被用来在相对较少的位点基因型个体(38 - 192个snp)和HO和/或HE据报道(表4)。物种的成员描述辐鳍鱼纲,鸟纲,双壳纲,哺乳类和主要认为是世界自然保护联盟的“最少关注”。在研究中,HO和HE范围从0.13到0.45和0.14 - 0.42;分别(表4)。绝大多数的HO和HE估计物种特征为“最少关注”(除了两个)下跌0.25和0.37之间。中值HO和HE分别为0.32和0.31。

表4指标的遗传变异性,样本大小和使用Fluidigm IUCN物种基因分型的地位®BioMark,高清™的基因系统
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讨论

基因组测序和SNP分析发展

所述数据仅代表第二次属的一个成员Neotoma经历了全基因组测序(34]。遗传资源Neotoma高地”尤其有限(35),然而,即使是低覆盖率测序可用于生成工具,通知管理濒危物种。例如,两个车道的paired-end测序和启用一巷mate-paired测序组装完整的线粒体基因组的35)和134个SNP位点的识别描述在这个手稿。研究表明,在某些情况下SNP基因分型能更好地揭示人口结构精细,提供证据的微分选择在人口比其他标志板,宽估计基因杂合性(36,37,38,39,40,44]。50型woodrats使用微卫星和SNP位点表明我们的SNP分析提供了分析统计能力增强。此外,PIDsib估计也很低,表明该小组可以用来区分woodrats即使相关个人存在于人口(31日- - - - - -33]。考虑到许多woodrat空间隔离的人群(例如,残余NJ栅栏人口),存在个人应该假设密切相关。最后,DNA提取自然脱落的羽毛、头发和粪便样本和随后Fluidigm SNP基因分型结果被用来确定个人金雕[24),狼,野猫和熊32,33]。考虑到低PID估计与此相关分析,我们预计类似的方法可用于无创性监测阿勒格尼woodrat人群头发或粪便样本。

时间变化的遗传变异性易位到新泽西的剩余人口

保护经理一直担心易位在扩展地理距离会导致相对更大的介绍和居民个人之间遗传距离,增加远系繁殖抑郁的风险(45]。然而,最近的研究表明,异族通婚抑郁症很少有负面影响易位的成功项目(19,46]。此外,等因素改变个体的遗传多样性可能是更好的预测健身后介绍小说的人口比遗传距离(47]。尽管相对的地理来源之间的距离和居民人口固有在这项研究中,成功的繁殖进行个人显然开车增加在随后几年的遗传变异性。血统分析提供了证据表明,至少有两个woodrats转移从2015年宾夕法尼亚州新泽西继续繁殖,他们的后代也是如此。增加HO和HE明显的只要2016,使观察到的水平与woodrat人群的哦,和坚持到年底监测期在2019年。遗传变异性相比我们还在新泽西人口的其他物种和确定观察到新泽西的杂合性woodrats抓住2015年之前明显低于任何物种由世界自然保护联盟列为“最少关注”。易位后,HO和HE新泽西人口属于跨物种生成的范围的估计。增加数量自2015年以来提供了额外的证据的潜在基因救援。这样,本研究加入提供相对较少的证据增加人口规模或增长率后协助基因流(了19])。

管理的影响

正在进行的研究保护阿勒格尼woodrats可能通知把个人非常小的人群的最佳实践。管理指南建议把一些非居民个人,代表接收方20%的人口减少的可能性淹没了当地自适应遗传变异(17,20.]。基因(即被淹。,the rapid increase in frequency of alleles introduced by gene flow; [48,49])可能导致的损失私有等位基因在收件人人口。反过来,这可能导致的损失species-wide等位基因多样性(49),甚至常住人口的遗传多样性增加。努力减少遗传淹没会导致把很少的人当收件人种群丰度较低。本研究加入其他暗示成功繁殖只有一到三个非居民个人可以促进增加遗传多样性和丰富50,51,52,53]。在某些情况下,然而,这些移民实现大幅提高繁殖成功率相比,居民个人,导致近亲繁殖的后代(如北极狐,[51];狼,54,55,56])。即使没有直接观察的近亲繁殖,繁殖斜已知有效的人口规模和减少导致加速遗传多样性的损失由于漂移57]。不成比例的繁殖成功率进行个人可能是常见的阿勒格尼woodrats如果人口性别比例失衡在小50),居民个人更倾向于与转移个人作为避免近亲繁殖交配机制(58),或F1后代增加了健身源于杂种优势(59,60,61年]。这项研究和戴维斯et al。(5039]文档的观察进行男阿勒格尼woodrats为了繁衍和35%的年轻人被困在随后的赛季,在各自的人口。几个已知实例的近亲繁殖在亲属后代(表中2,(50)但是,令人鼓舞的是,与此同时稳定或增加全民遗传变异性和丰富。保护管理者监控小种群可以考虑基因型个体,进行亲子关系分析、遗传多样性和监测年度或每年。这将允许快速易位的额外个人小人口如果提高繁殖成功率似乎导致近亲繁殖活动,或者,补充之前,在遗传救援失败(即。如果非居民生存很低)。值得注意的是,即使没有近亲繁殖,真正孤立的人群(如栅栏的)最终将需要额外的人工中介基因流来抵消损失由于遗传漂变的遗传多样性。

还有其他的方法进行的研究woodrat易位有潜力增加深度对我们理解遗传救援和恢复。遗传救援的研究通常认为人口作为离散单元,不间断的景观功能。woodrats存在的自然倾向异质种群为科学家提供的机会来研究基因在异构的风景和救援,特别是,如何等位基因引入一个栖息地补丁可能在移动网站。正如最近的研究提出了选择特定个人的能力减少基因近交衰退萎缩的人口(19,62年),特定栖息地站点可能针对版本如果他们自然传播通道连接到metapopulation的其他部分。的确,最近的工作在景观遗传学弗吉尼亚的阿勒格尼woodrats表明,海拔低,而不是人为的障碍,如道路,可能阻止改变个人和/或他们的后代分散在栖息地的网站(63年]。

结论

在此,我们描述一个新颖的SNP分析,它提供了增加统计研究的一种常见小和血缘的人群。我们的研究有着重要的意义,可以让残留种群的濒危物种的地理距离最近的metapopulation孤立。把少量个体非常小的数量可能会增加风险的生殖斜其次是遗传漂变和近亲繁殖,必须增加监测以下介绍。尽管如此,人工中介基因流动可能是不可或缺的残留种群的持久性。我们的结果表明,令人鼓舞的是,少量的引入,基因变量个体能够成功繁殖,增加全民遗传多样性,促进大量增加。

方法

基因组组装和注释

我们提取的脱氧核糖核酸(DNA)从单一的尾巴夹n高地”个人通过配对商用提取(DNEasy血液和组织、试剂盒、Venlo,荷兰)和清理(DNA清洁&集中器,Zymo研究,欧文,加利福尼亚州)在符合制造商的指示。我们进行了三车道paired-end和mate-paired测序使用Illumina公司HiSeq2500巷之一。我们使用Trimmomatic [64年]删除适配器,丢弃短读和修剪质量差基地从5′和3′末端的原始序列读取所述斯科菲尔德et al ., (35]。我们使用深渊1.9.0 [65年)进行几个组件从40到85公里长度。PE读取被用来产生重叠群。议员读取被用来推断出秩序,方向,和重叠群之间的距离,在支架连接在一起。最长最大的装配将军曾经价值和支架用于下游分析。车身v5 (66年),由gVolante实现(67年),被用来评估基因组的完整性。

我们使用了制造商2.28管道(68年)注释所有大于10 kb的支架,后道尔描述的方法等。69年和柯南道尔et al。26]。简要总结,我们第一次使用Repeat-Masker识别和面具的重复DNA。第二,我们下载6762亩骶从UniProtKB蛋白质序列数据库(www.uniprot.org)和protein2genome设置用于制造商产生基因注释。这些注释随后被用来训练吸附(70年)并生成从头开始预测。第三,我们一致的蛋白质序列和93400年亩骶表达序列标签(EST)的基因组序列使用爆炸和InterProScan用来识别领域公认的蛋白质。最后,所有从头开始由蛋白质基因预测,美国东部时间或者InterProScan证据被提升为基因注释。

SNP发现和分析设计

我们确定了snp在柯南道尔et al。26]。简而言之,我们一致paired-end读回基因组组装使用草案BWA 0.7.12 [71年2.3)和使用皮卡德(http://broadinstitute.github.io/picard)分类和识别重复的读取。我们使用了GATK 3.6管道(72年,73年]在indels调整读取和识别高质量的单核苷酸多态性与phr质量分数≥30。然后我们选择95年常染色体核标记与基因沙漠(即有关。,“neutral” markers) and 97 autosomal nuclear markers associated with protein-coding genes. We deliberately chose no more than one SNP of each category from a given scaffold to minimize linkage disequilibrium. To identify neutral markers, we quantified the distances between all SNPs and genes using the BEDtools suite [74年),最终选择标记基因的95%百分位距离。我们使用SnpEff 4.3 [75年)找到与非同义单核苷酸多态性相关基因的改变其实区域(即。“相关的基因标记)。进口2.3 [76年)被用来确认至少60高质量的旁侧序列的核苷酸在场上游和下游的标记,这guanine-cytosine (GC)含量小于65%,而且没有其他变量网站在20核苷酸在场。

DNA提取和SNP基因分型

我们被困,随后82组woodrats抽样从栅栏,新泽西州2009年和2019年之间(表2,3),包括18和64个人采样前后易位开始,分别。我们遵循标准live-trapping协议(77年,78年),收集了2毫米从每个耳朵穿孔,这是保存在70 - 100%的乙醇。每年捕获发生,我们计算一个捕捉索引数除以独特的个体被陷阱晚上和乘以10的数量(79年]。计算一个陷阱索引允许我们控制夜晚捕捉的数量差异发生在年77年]。使用醋酸铵提取DNA进行协议(14)或Zymo快速dna Miniprep +工具包。我们使用Fluidigm®BioMark HD型™系统这些个体基因型。此外,我们六个人的基因转移从宾夕法尼亚州到新泽西在2015和2017之间。主义式的最后,我们172和58样本收集来自印第安纳州和俄亥俄州,分别(表2)。这些样本收集2015年至2019年长期监测研究的一部分。

SNP调用编辑使用Fluidigm®的基因分析软件。我们排除了标记从下游分析数据时没有集群成不同的纯合子和杂合的状态,如果小等位基因频率小于0.025。我们使用卡方测试由GenAlEx实现(24,26)为偏离哈迪温伯格平衡测试。Bonferroni调整后,单个位点被发现一致的跨年,哈迪温伯格平衡问题却被忽略了,留下134位点。我们排除了个人分析如果≥7位点没有成功的基因,如话费与基因分型错误往往是负相关24,32]。使用snpStats [80年),我们发现了一个数量的标记连锁不平衡,但认为,在很多情况下这是由于血缘关系,而不是两个标记在基因组接近。然而,为了满足Cervus 3.0.7的假设(81年2.3.4)和结构(82年,83年),我们确认所有成对比较r2> 0.2和删除一个标记在每种情况下,创建一个减少数据集的70位点snp都在连杆平衡。

使用微卫星和SNP标记概率的身份

先前的研究的n高地”利用时间为相对较小的电池板月11日至微卫星标记(例如,15,63年,84年,85年])。评估与每种方法相关的统计力量,我们组50 woodrats亚当斯在2017年和2019年在县哦11微卫星和134个SNP位点(附加文件3和额外的文件4)。随后我们计算的概率随机选择两个个体的人口将有相同的基因型(PID),使用每一个标记面板。我们另外PIDsib计算,它代表了一种保守的上界的可能性两个个体采样偶然从一个人口将有相同的基因型(32,33]。这估计是特别有用,当子结构存在于人口(即。相关的个人;(32,33])。

繁殖成功率和遗传变异性易位栅栏

我们使用Cervus 3.0.7 [81年)分配个体采样大坝和雄在2015年和2019年之间。首次为个人被困在每年,所有woodrats困在同年和前几年被认为是候选人的父母。模拟包括100000复制周期。候选人大坝和雄抽样的比例估计为0.80,根据可比捕获捕获的概率估计方法的其他woodrat人口(16]。输入位点的比例是0.99和位点的比例出现打印错误设置为0.04 (26]。最低血统赋值的置信水平为95%。

2.3.4结构(82年,83年)、结构收割机0.6.94 [86年],Clumpak [87年)被用来可视化外加剂在栅栏,NJ woodrat人口跨越时间。我们利用减少数据集(即。,with all 70 loci in linkage equilibrium, see above) for 82 individuals sampled between 2009 and 2019, as well as the six individuals translocated from PA. We considered values of K = 1–8, running each value 10 times with an initial burn-in of 100,000 Markov chain Monte Carlo (MCMC) iterations and 1,000,000 subsequent iterations for each value. We assumed an admixture ancestry model and allowed for correlated allele frequencies [82年]。结果解释使用意味着可能性的K值和ΔK [86年]。

我们使用GenAlEx [88年)计算等位基因频率和预期,年前观察杂合度(2009、2011),(2015 - 2017)期间和之后易位(2018、2019)栅栏,新泽西人口。为我们提供上下文的解释时间栅栏人群的遗传变异性的改变,我们(1)使用GenAlEx [88年]计算等位基因频率和预期,观察到的杂合性在印第安纳州,新泽西和俄亥俄州和文献调查(2)观察和预期估计的杂合性生成使用Fluidigm®BioMark HD型™系统和相对较小的SNP检测(如96 - 192位点)。进行文献综述,我们搜索的短语“SNP类型分析”,“SNPtype试验”,“Fluidigm SNP分析”、“Fluidigm SNP芯片”和“基因分型结果Fluidigm分析软件”在谷歌学者。所有研究的非人类动物观察和/或预期的杂合性描述,我们记录的位点分析,样本大小,指标的遗传变异性及国际自然保护联盟(IUCN)的地位。如果平均HO和HE没有提供,我们平均每个值或特定人群值时。当解释这些结果,重要的一点是,我们没有一个健壮的了解SNP的HEHO和等位基因多样性随体型等分类,保护状态,栖息地,迁徙行为,分类组和营养类。相比之下,这些关系都进行了广泛的研究利用微卫星位点的遗传变异生成估计(89年,90年,91年,92年,93年]。

可用性的数据和材料

生成的数据集和/或分析在当前的研究中可在NCBI的短阅读档案(BioSample加入# SAMN25554335, BioProject加入# PRJNA802531),森林女神(https://doi.org/10.5061/dryad.rjdfn2zdb与此相关的手稿)和补充文件。

缩写

NJ:

新泽西

单核苷酸多态性:

单核苷酸多态性

Gb:

碱基

英国石油公司:

完全

kb:

个碱基

体育:

Paired-end

议员:

Mate-paired

哦:

俄亥俄州

PID:

概率的身份

PIDsib:

兄弟姐妹之间身份的概率

PA:

宾西法尼亚

HO:

观察到的杂合性

HE:

预期的杂合性

:

印第安纳州

背景:

脱氧核糖核酸

美国东部时间:

表达序列标签

GC:

Guanine-cytosine

密度:

马尔可夫链蒙特卡罗迭代

世界自然保护联盟:

国际自然保护联盟

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下载参考

确认

这项工作用了极端的科学和工程发现环境(XSEDE),由美国国家科学基金会支持号码aci - 1548562。具体地说,这项工作用彗星通过分配TG-BIO170095圣地亚哥超级计算机中心。作者感谢杰弗里·拉金准备资金支持这项工作的建议;阿曼达Menasion, Sharon Petzinger戴夫•肯尼Kathleen LoGuidice爱兰歌娜米切尔,凯特·豪斯曼帮忙收集n高地”样品和跟踪遥测和摄像机的转移个人;法灵顿和凯莉•布兰德,奇迹戴维斯,希瑟,曼迪斯科菲尔德和伊莱Seeman与SNP面板发展援助,DNA提取和量化和微卫星基因分型。

资金

这项研究受到了印第安纳州的自然资源,新泽西DEP鱼类和野生动物的濒危物种和Nongame项目,物保护鱼类和野生动物服务野生动物恢复计划,宾夕法尼亚州游戏委员会,美国大自然保护协会,普渡大学,陶森大学费舍尔科学和数学学院。

作者信息

作者和联系

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    梅根Muller-Girard

  2. 濒危物种和Nongame计划,新泽西DEP鱼类和野生动物,1255年县Rd 629年黎巴嫩,新泽西,08833年,美国

    格雷琴家禽

  3. 生物学系,975年宾夕法尼亚州印第安纳大学奥克兰大道,印第安纳州,PA, 15705 - 1081,美国

    约瑟夫·杜尚

  4. 陶森大学生物科学系的8000年纽约Rd,巴尔的摩,医学博士,21252年,美国

    萨曼莎Kouneski &杰奎琳·m·道尔

  5. 亚利桑那州图森市WildWork,西Prosperi大街16125号,85736,美国

    谢丽尔Mollohan

  6. USDA-APHIS-WS国家野生动物研究中心,柯林斯堡,美国公司

    蒂莫西·j·smyster

  7. 宾夕法尼亚州游戏委员会,Elmerton大街2001号,哈里斯堡,宾夕法尼亚州,17110年,美国

    格雷戈里·g·特纳

  8. 印第安纳州的自然资源,5596国道东46岁的布卢明顿,47401年,美国

    布拉德福德Westrich

作者
  1. 梅根Muller-Girard
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贡献

JD、广发、GGT、套和托拉斯的构思和设计研究。JD, GF,厘米,BW和GGT收集现场数据和样本。MMG、SK、套和托拉斯进行提取DNA, DNA量化和SNP基因分型。套和托拉斯进行全基因组测序,组装基因组SNP面板和设计草案。MMG GF, SK和托拉斯写作努力和所有作者(MMG GF, JD, SK,厘米,套,GGT, BW和托拉斯)审查、修订,评论和批准的最终版本的手稿。

相应的作者

对应到杰奎琳·m·多伊尔。

道德声明

伦理批准和同意参与

所有方法和协议是一个机构和/或许可委员会批准,按照指导方针和有关规定进行。标准住捕获和样本收集协议被用于所有情况和已批准的机构动物保健和使用委员会(IACUC)宾夕法尼亚印第安纳大学,印第安纳州,PA(协议# 10 - 1617和10 - 1920)和普渡大学西拉法叶,(协议# 1111000236和1111000236)。所有捕获和印第安纳州组织样本收集,完成了新泽西州和宾夕法尼亚州宾州游戏委员会,新泽西的鱼类和野生动物的濒危物种和Nongame项目和印第安纳州自然资源部门(机构由州法律规定审查和执行所有监控和允许的话)。所有被困在俄亥俄州和组织样本收集完成了WildWork俄亥俄州的许可部门的野生动物(科学收集允许# 21 - 181)。这项工作要经国家环境政策法案,这是由美国鱼类和野生动物服务。本研究报告按照到达的指导方针。

同意出版

不适用。

相互竞争的利益

作者声明他们没有利益冲突。

额外的信息

出版商的注意

施普林格自然保持中立在发表关于司法主权地图和所属机构。

补充信息

额外的文件1:

微卫星基因型woodrats采样2009年,2011年和2012年在栅栏,新泽西。电子表格标记为“原始数据”,“数据GenAlEx”包括28个人的基因型在11个微卫星位点基因分型。这些人有相对较低的遗传变异,表明等位基因的数量(法新社和榴弹炮电子表格),观察到的杂合性和预期的杂合性(电子表格六)。

额外的文件2:

摘要统计信息与核基因组测序,组装和注释。

额外的文件3:

SNP基因型woodrats采样在印第安纳州、新泽西州、俄亥俄州和宾夕法尼亚州。电子表格标记为“原始数据”包括318人的基因型在134个SNP位点基因分型。

额外的文件4:

身份(PID)的概率之间的关系,兄弟姐妹之间身份的概率(PIDsib)和SNP或微卫星位点的基因的数量。

额外的文件5:

比较微卫星和SNP-based遗传变异。

权利和权限

开放获取本文是基于知识共享署名4.0国际许可,允许使用、共享、适应、分布和繁殖在任何媒介或格式,只要你给予适当的信贷原始作者(年代)和来源,提供一个链接到创作共用许可证,并指出如果变化。本文中的图片或其他第三方材料都包含在本文的创作共用许可证,除非另有说明在一个信用额度的材料。如果材料不包括在本文的创作共用许可证和用途是不允许按法定规定或超过允许的使用,您将需要获得直接从版权所有者的许可。查看本许可证的副本,访问http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/。知识共享公共领域奉献豁免(http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/)适用于数据可用在这篇文章中,除非另有说明在信贷额度的数据。

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引用这篇文章

Muller-Girard, M。家禽,G。,Duchamp, J.et al。小说SNP分析揭示遗传变异性增加和丰富易位后残余阿勒格尼woodrat人口。BMC生态Evo22137 (2022)。https://doi.org/10.1186/s12862 - 022 - 02083 - w

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关键字

  • 生殖斜
  • 近亲繁殖
  • 基因修复
  • 近交衰退
  • 易位
  • 景观遗传学
  • 传播

BMC生态学与进化

ISSN: 2730 - 7182

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